O mundo está em um estado de isolamento. A causa é devido às misteriosas entidades do fundo do mar que a Marinha apelidou de “Frota do Mar Profundo” e sua conquista dos mares isolando todos os países do mundo uns dos outros. Recusando-se a ficar de braços cruzados e deixar a Frota do Mar Profundo seguir seu caminho, todos os países do mundo juntam seus recursos para fazer uma nova arma para combatê-los ... uma arma que é comparável em poder a de um navio de guerra ... e seu nome é: The Fleet Girls. Essa nova arma será suficiente para combater a Frota do Mar Profundo? Será que o alferes que acabou de ser enviado para a base naval onde as “Garotas da Frota” são mantidas será capaz de ajudar em sua luta ... Só o tempo dirá quando esta guerra contra a Frota do Mar Profundo começar a se desenrolar.
